Sabtu, 19 November 2011

Karakteristik molekul dari Vibrio spp yang menyebabkan penyakit pada Udang Black Tiger (Penaeus monodon) di tambak udang Sumatera dan Jawa dengan sekuensing 16S rDNA

Bioinformatika adalah bidang yang relatif baru, sehingga masih banyak kesalahpahaman mengenai definisinya. Bioinformatika muncul atas desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisa data-data biologis dari database DNA, RNA maupun protein. Studi bioinformatika merupakan studi aplikasi dari bidang biologi, kimia organik, statistic dan bidang statistic informatika.
           Tambak udang memberikan kontribusi signifikan terhadap produksi Indonesia dalam sektor perikanan. Ekspor Indonesia sekali produksi udang mencapai 50% dari semua ekspor perikanan pada tahun 2002 dan peringkat ke-lima di non-minyak komoditas ekspor. Berbagai kegagalan yang terjadi pada pertanian udang di Indonesia telah menjadi fenomena yang sangat merugikan. Kegagalan tersebut biasanya disebabkan oleh serangan vibrio sp yang mengakibatkan kematian cepat pada udang dengan angka yang besar. Udang terinfeksi Vibrio sp umumnya ditandai dengan gejala klinis, dimana udang terlihat lemah, merah gelap atau pucat, antena dan kaki renang berwarna merah. Ini adalah jenis bakteri patogen yang menginfeksi dan menyebabkan penyakit ketika kondisi udang lemah dan lingkungan yang ekstrim.
            Ada jenis Vibrio sp yang berasal dari Indonesia yang mungkin tidak ada di negara lain, karena keanekaragaman spesies Vibrio di perairan Indonesia masih sangat sedikit dipelajari dan dianalisis. Terjadinya kematian udang karena serangan Vibrio sp membuat petani udang menderita kerugian besar. Salah satu teknologi terbaik yang dapat mengidentifikasi spesies Vibrio adalah menganalisis 16S rDNA urutan strain terisolasi. Teknik ini merupakan teknik baru yang sering diterapkan karena dapat dibandingkan dengan data base GenBank untuk menentukan kesamaan DNA homologi dengan bakteri serupa. Identifikasi menggunakan teknik 16S rDNA untuk mendapatkan bakteri pada udang windu, yang didominasi oleh genus Vibrio. Hasil BLAST (Basic Local Search Alat Alignment) menunjukkan bahwa lima strain alginolyticus Vibrio, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio harveyi, Vibrio shilonii, dan Vibrio vulnificus diyakini memiliki kesamaan urutan melebihi 97% dari GenBank.


SUMBER
http://ijat-aatsea.com/pdf/May_v7_n3_11/13%20IJAT2011-02%20FJR.pdf

Jumat, 11 November 2011

NCBI (National Centre of Biotechnology Information)

PENDAHULUAN

Memahami bahasa alami elegan sel-sel hidup adalah pencarian biologi molekuler modern. Dari alfabet hanya empat huruf kimia yang mewakili subunit DNA, muncul sebuah sintaks yang mewakili proses kehidupan yang diperlukan untuk membangun dan memelihara manusia. Mengungkap dan menggunakan "alfabet" untuk memahami yang baru "kata-kata dan frasa" adalah fokus sentral dari bidang biologi molekuler. Volume mengejutkan data molekuler dan pola-pola halus yang menyandikan informasi biologis telah menyebabkan syarat mutlak untuk database terkomputerisasi dan alat analisis. Tantangannya adalah dalam mencari pendekatan baru untuk berurusan dengan volume dan kompleksitas data, dan dalam menyediakan peneliti dengan akses yang lebih baik untuk analisis dan alat-alat komputasi dalam rangka untuk meningkatkan pemahaman dari warisan genetik kita dan perannya dalam kesehatan dan penyakit.
Senator akhir dari Claude Pepper mengakui pentingnya metode pengolahan informasi terkomputerisasi untuk melakukan penelitian biomedis dan undang-undang yang disponsori yang didirikan pada bulan November, 1988, National Center for Biotechnology Information (NCBI) di National Library of Medicine (NLM). NLM itu dipilih untuk pengalaman dalam menciptakan dan memelihara database biomedis, dan karena sebagai bagian dari Institut Kesehatan Nasional (NIH), bisa membangun program penelitian intramural komputasi dalam biologi molekular. Misi NCBI adalah untuk mengembangkan teknologi informasi baru untuk membantu dalam pemahaman proses molekuler dan genetik yang mendasar yang mengontrol kesehatan dan penyakit. Mandatnya mencakup empat tugas utama:
  1.  Lakukan penelitian metode canggih berbasis komputer pengolahan informasi untuk menganalisis struktur dan fungsi molekul biologis penting.
  2. Menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan, mengambil, dan menganalisis pengetahuan tentang biologi molekuler, biokimia, dan genetika.
  3. Memfasilitasi penggunaan database dan perangkat lunak oleh para peneliti bioteknologi dan tenaga medis.
  4. Mengkoordinasikan upaya-upaya untuk mengumpulkan informasi di seluruh dunia bioteknologi.

ISI

National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah multi-disiplin kelompok penelitian yang berfungsi sebagai sumber daya untuk informasi biologi molekuler. Ini dibentuk pada tahun 1988 sebagai pelengkap kegiatan dari Institut Kesehatan Nasional (NIH) dan National Library of Medicine (NLM). Fasilitas ini terletak di Bethesda, Maryland, Amerika Serikat. Awalnya, penciptaan NCBI dimaksudkan untuk membantu dalam memahami mekanisme molekuler yang mempengaruhi kesehatan manusia dan penyakit dengan tujuan sebagai berikut:
  1. untuk membuat dan memelihara database publik,
  2. mengembangkan perangkat lunak untuk menganalisis data genom, dan
  3. untuk melakukan penelitian dalam biologi komputasi.
Dalam waktu tertentu , dan melalui penggunaan luas dari Internet, NCBI menjadi semakin sadar akan peran penelitian biologi murni. Biologi molekular menjadi salah satu tokoh sebagai penelitian biomedis. Hal ini terbukti sebagai database khusus berbagai sedang diciptakan oleh NCBI, untuk melengkapi mereka yang berurusan langsung dengan kesehatan manusia. NCBI mulai menawarkan jasa serta:
  1. mengembangkan metode baru untuk menangani volume dan kompleksitas data meneliti ke metode yang dapat menganalisis struktur dan fungsi makromolekul.
  2. menciptakan sistem komputerisasi untuk menyimpan dan menganalisis data tentang biologi molekuler.
  3. menyediakan akses ke analisis dan alat komputasi (yang memfasilitasi penggunaan database dan perangkat lunak) untuk peneliti dan publik.
Dalam proses pengembangan database, NCBI membentuk standar database seperti nomenklatur database yang juga digunakan oleh non-database NCBI. Salah satu NCBI database adalah GenBank, urutan database yang asam nukleat yang berisi informasi urutan dari lebih dari 200.000 organisme yang berbeda. GenBank mungkin adalah database yang paling populer digunakan, dan benar-benar mendahului NCBI. Bagi banyak orang, nama adalah identik dengan NCBI.

Genbank sebagai database model
NCBI mempertahankan GenBank, database NIH urutan genetik. Staf NCBI dengan pelatihan lanjutan dalam biologi molekuler membangun database dari urutan disampaikan oleh para peneliti, laboratorium individu dan dengan pertukaran data antara anggota lain dari Kolaborasi Urutan Nukleotida Internasional database termasuk Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (EMBL) dan Database DNA Jepang (DDBJ). Pengaturan dengan US Patent dan Trademark Office memungkinkan penggabungan data sekuens paten. Selain GenBank, NCBI mendukung dan mendistribusikan berbagai database untuk komunitas medis dan ilmiah. Sumber daya berkisar dari database molekul dan literatur untuk alat kesamaan urutan ke informasi struktur dan data genom.
Salah satu peran NCBI adalah menjaga database tersedia untuk umum. Tapi apa sebenarnya database, dan mengapa mereka penting untuk biologi molekuler? Pada dasarnya, database adalah tubuh besar dan terorganisir dari sebuah data. Tapi salah satu kriteria kunci untuk database biologis adalah data persisten. Dengan kata lain, informasi yang dikodekan dan diwakili oleh data bisa berubah tetapi jenis data lebih tahan terhadap perubahan. Ini adalah refleksi dari apa yang terdiri dari makromolekul dan bagaimana para ilmuwan telah memilih untuk melambangkan alam. Sebagai contoh, urutan asam nukleat dapat dilambangkan dengan huruf mewakili nukleotida dan urutan protein dapat diwakili oleh huruf yang melambangkan 20 asam amino. String ini merupakan simbol surat jumlah yang mengejutkan informasi, tetapi untuk sistem komputerisasi mereka dengan mudah dapat diatur dan dimanipulasi secara optimal.

Database urutan model GenBank.
GenBank, sebuah database yang berisi semua sekuens asam nukleat diketahui, adalah salah satu anggota dari "Entente Triple" database urutan; dua lainnya adalah Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (EMBL) dan Database DNA Jepang (DDBJ), semua itu merupakan bagian dari proyek Urutan nukleotida Internasional database. Dua database urutan terakhir mencakup semua urutan Genbank itu. Pada Agustus 2003, terdapat 27,2 juta Genbank urutan yang berbeda. Lebih dari 185 genom mikroba yang lengkap tersedia (September 2004) serta lebih dari lima puluh genom eukariotik (Juli 2003) (termasuk genom manusia). Sekitar 26% dari urutan dalam database berasal dari manusia Mencari urutan di GenBank disebut sebagai "membuat query". Informasi yang didapat disebut "catatan" (entry) untuk query. Catatan untuk setiap urutan di GenBank berisi deskripsi singkat dari urutan, nama ilmiah dan taksonomi organisme sumber dari mana urutan berasal, referensi bibliografi, dan daftar "fitur". Fitur termasuk daerah pengkodean urutan asam nukleat dan situs lainnya penting biologis. Selain itu, urutan protein asam nukleat diterjemahkan daerah pengkode disertakan. Setiap catatan GenBank diberikan sebuah "nomor aksesi" yang merupakan pengenal stabil dan unik dari catatan yang tidak berubah dengan waktu. Selain itu, "GenInfo (gi) nomor" ditugaskan untuk setiap urutan seperti pada "versi nomor aksesi"; angka-angka ini melakukan perubahan. Misalnya ketika urutan diperbarui untuk CUT1-Reseptor (Aksesi nomor: AB123456, Versi: AB123456.1, gi nomor: 123456789), versi dan gi mengubah nomor. Hal ini memudahkan pengarsipan data dan mencegah inkonsistensi informasi urutan dalam literatur.

Mengambil data Genbank dan data dari database NCBI lain
Sistem pengambilan database utama di NCBI Entrez, yang menghubungkan bersama beberapa database, termasuk GenBank. Database sentral dalam Entrez adalah database Genbank nukleotida, yang menghubungkan ke database sebagai berikut: PubMed, Sequence Protein, Genom, Taksonomi, Struktur, Penduduk, Warisan online Mendelian dalam Man (OMIM), Buku, dan Domain 3D. Sambungan antara entri dalam database disebut tetangga, dan koneksi antara entri database yang berbeda disebut hardlink. Sebagai contoh, urutan diambil dari GenBank dapat hardlink ke kutipan sastra di PubMed untuk urutan tertentu. PubMed adalah literatur NCBI kutipan database yang berisi abstrak lebih dari 12 juta artikel jurnal. Setelah urutan ditemukan dalam GenBank, atau sekali data apapun yang ditemukan di salah satu dari berbagai database, daftar topik yang berhubungan dengan jurnal abstrak dapat dirubah di PubMed menggunakan hardlinks. Sayangnya, full-teks elektronik-jurnal tidak dapat diakses melalui semua database NCBI gratis, hanya PubMedCentral menyediakan akses gratis ke teks lengkap artikel. Untungnya, perpustakaan universitas (seperti perpustakaan UBC) melakukan membeli layanan untuk menyediakan secara gratis kepada pengguna mereka.

NCBI data analisis alat perangkat lunak
Tujuan utama dari bioinformatika adalah untuk memungkinkan peneliti untuk membuat koneksi baru antara data. Perangkat lunak analitik memungkinkan untuk melakukan eksperimen ilmiah, penolakan hipotesis, dan menarik kesimpulan tentang biologi molekuler. Meskipun bukan pengganti meja kerja, bioinformatika bertindak sebagai pelengkap untuk laboratorium-data yang dihasilkan. Banyak alat analisis data ada di NCBI, UBiC dan tempat-tempat lain di web. Karena jumlah sangat besar teknik yang tersedia untuk menganalisis data, dan perangkat lunak analitik relatif baru, kondisi untuk penggunaan setiap alat ini mungkin membingungkan. Kesalahan karena ketidakbiasaan dengan alat-alat masih cukup umum. Alat-alat lain telah mendapatkan digunakan secara luas hanya dengan menjadi mudah digunakan. Salah satu alat tersebut adalah Alignment Dasar Alat Pencarian Linear (BLAST), yang paling umum digunakan untuk menganalisis sekuens asam nukleat dari GenBank.

PENUTUP

Dengan input dalam pemetaan genom manusia, layanan NCBI yang tak dapat disangkal penting. NCBI menawarkan array komprehensif database dan perangkat lunak untuk menganalisis informasi. Keuntungan memiliki NCBI adalah bahwa mereka menawarkan jumlah yang cukup besar informasi dapat diakses oleh publik. NCBI melanjutkan tradisi ilmiah membuat pengetahuan ilmiah gratis untuk semua, yang merupakan fenomena umum di dunia saat ini perusahaan biotek dan paten mereka dijaga ketat. Bioinformatika, sebagai sebuah disiplin, terus tumbuh pada tingkat eksponensial. Para NCBI saat ini memerangi masalah redundansi informasi dengan membentuk database non-berlebihan untuk membatasi pencarian-kali dan meningkatkan kemudahan membuat query. Situs NCBI saat ini menangani pelayanan secara efisien, meskipun jumlah besar dari layanan ini. Untuk melanjutkan efisiensi ini, NCBI harus menyadari dan menerima cara-cara baru data asimilasi ke dalam bentuk yang terorganisir.


SUMBER
http://www.scq.ubc.ca/national-center-for-biotechnology-information-an-overview/
http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/ncbi.html

Rabu, 09 November 2011

Sakitnya My First Love


Hari ini adalah hari pertama gue masuk sekolah. Gue sekarang duduk di kelas 2 SMA. Huh… harus beradaptasi lagi deh sama teman-teman.

Sampai di sekolah gue langsung masuk kelas terus langsung milih tempat duduk yang nyaman buat gue. Gue sebangku ama seorang cewek yang pinter abis, cantik sih tapi dia terlalu lugu. Lucu juga sih orangnya. Tapi kadang-kadang gue bingung ama temen-temen napa sih kok mereka tuh gak ada yang mau kenal deket ama cewek itu.

Oh ya gue ampe lupa nyebutin namanya. Namanya tuh Tina. Kadang-kadang gue suka benci banget ama temen-temen soalnya mereka tuh baru mau deket ama Tina kalau misalnya lagi ada tugas, ulangan, ya pokoknya kalau pas lagi ada urusan sekolah gitu. Ya sebagai temen deket, sebangku, gue kadang suka gak terima gitu deh. Abis kasihan kan cuma dianggap kalau lagi dibutuhin doang. Tapi anehnya si Tina tuh gak pernah marah, benci walau kadang tuh dia di hina-hina gitu ama temen-temen. Ya gitu deh kisahnya Tina.
“Tin, ke kantin yuk… Laper ni perut….”
“Gak ah… Aku lagi males ke kantin ni…”
“Okey deh…”
Gitu deh si Tina kalo di ajak ke kantin pasti gak mau. Sekalipun dia mau itupun cuma buat nganterin gue doang.

Ngomong-ngomong gue belum nyebutin nama gue ya. Nama gue Dara. Nama beken sih tapi juga nama asli. Hehehehhe…….

Semester 1 udah berhasil gue lalui dengan penuh perjuangan. Maksudnya perjuangan itu ya dengan remidi gitu deh. Tapi gak semuanya gue remidi. Hanya pelajaran tertentu aja yang remidi. Abis pusing mikirin pelajaran segitu banyaknya. Di semester 2 ini gue harus lebih giat lagi. Kalau gue gak giat entar gue gak naik kelas lagi. Oh ya di semester 2 ini gue seneng banget soalnya SMA gue bakal ngadain piknik ke Bali.

Oh Bali I LOVE YOU… !!!!!!!!!

Moment itu yang gue tunggu-tunggu. Pertengahan semester 2 gue mulai deket ama seorang cowok yang penampilannya tuh cuek abis tapi dia tuh cool banget gitu. Gue ampe naksir ama tuh cowok. Dia tuh suka banget naik gunung. Selama deket ama gue, dia selalu cerita tentang pengalamannya waktu naik gunung. Dasar gue orangnya cerewet dan gue juga suka ama yang namanya alam kayak pegunungan gitu ya udah deh nyambung banget.

Tuh kan gue lupa mulu buat ngenalin tuh cowok sapa. Namanya Rei. Rei ini banyak banget temennya terutama temen cewek. Sempet sih gue cembogor alias cemburu gitu lihat dia ama cewek lain padahal dia kan bukan siapa-siapa gue.

Duh apa ini ya yang namanya jatuh cinta pada pandangan pertama? Bodo amat deh, mau cinta pandangan pertama ke’, yang kedua ke’ yang pasti gue jatuh cinta ama dia.

Menjelang akhir semester 2 entah kenapa kita tuh semakin dekat. Dia tanya-tanya nomor HP gue, tanya rumah gue dimana, pokoknya kita tuh makin dekat gitu. Dia juga pernah anterin gue pulang. Gak tau napa gue tuh nyaman banget kalau lagi ama dia. Mulai besok sekolah libur beberapa hari, nah selama liburan itu karena kita jarang ketemu jadi kita cuma smsan aja. Selama liburan itu ternyata Rei pergi naik gunung ama temen-temennya. Di sana dia masih terus hubungi gue. Lama-lama kita punya perasaan yang sama. 1 hari sebelum masuk sekolah, malamnya lewat sms dia bilang kalo dia suka ama gue dan dia pengen kita coba jalanin ini semua. Maksudnya sih pacaran gitu. Busyet dah kayak kejatuhan duit dari langit gitu (daripada kejatuhan durian kan sakit. Hehehehhe….)

Gue seneng banget. Gue terima deh cinta dia. Gue langsung curhat ama om gue yang selama ini sebagai tempat curhat gue dalam masalah cinta gue. Nah mulai dari situ gue berjanji ama diri gue kalau gue gak bakal main-main ama yang namanya cinta. Semampu gue, sebisa gue, semaksimal mungkin gue bakal menjaga hubungan gue ama Rei. Ya keluarga gue sih welcome ama Rei. Seharian itu gue smsan ama Rei ampe tangan gue pegel. Tapi gak apalah kan gue smsan ama seseorang yang gue sayang. Seharian itu gue juga udah gak sabar pengen cepet-cepet masuk sekolah. Tapi Rei bilang gue gak boleh bilang ama temen-temen alias backstreet gitu deh (sedih deh…. L)

Pagi harinya, gue sampai di sekolah lebih dulu dari pada dia. Ya iyalah orang rumah gue deket, paling 5 menit ampe. Lha dia ½ jam baru ampe. Sampai di sekolah gue tuh deg-degan gitu (dag dig dug gitu bunyi jantung gue…….)
Gak tau napa tiba-tiba aja deg-degan. Akhirnya dia ampe di sekolah juga dan dia langsung senyum gitu ama gue. Duh gue langsung jadi salting banget deh. Senyumannya tuh cool banget dan mungkin gak ada deh yang bisa menyaingi senyuman dia yang cool banget itu. Selama mengikuti pelajaran gue tuh gak konsen banget. Gue tuh kebayang dia terus (capek deh…)

Waktu istirahat gue ngerasa ada yang aneh gitu ama cowok gue. Dia tuh diem aja, terus dia tuh kayak mikirin suatu hal yang menurut gue itu berat banget. Ya gue pengen taulah apa yang lagi dia pikirin. Ya sebagai ceweknya gue gak mau dong lihat orang yang gue sayang tuh punya masalah terus dipendem ampe dalem banget. Ya paling gak dia cerita dikitlah walau gak semuanya. Dia tetep diem dan dia tetep gak mau ngomong apa yang terjadi ama dia. Ya gue gelisah bangetlah. Waktu pelajaran gue tambah gak bisa konsen gara-gara mikirin dia. Tiba-tiba HP gue getar dan ternyata itu sms dari Rei. Dia bilang katanya nanti pulang sekolah dia mau ngomong sesuatu ama gue. Wah jelas banget itu buat gue semakin gelisah, makin deg-degan, makin gak konsen ama pelajaran.



Teng….. teng….. teng…..
Bunyi juga akhirnya tuh bel. Setelah semua anak-anak udah pulang, gue ama Rei masih di depan kelas. Wajahnya Rei tuh kayak bingung banget gitu. Gue coba tanya ama dia tapi dia malah diem. Kita diem-dieman agak lama sih. Akhirnya dia mulai mengeluarkan suaranya dan ketika dia mengatakan suatu hal ke gue.
“Sebelumnya aku minta maaf...” ucapnya dengan tampang suram.
“Aku sayang sama kamu, aku cinta sama kamu… Kamu baik, lucu, perhatian ama aku… Tapi……”
Hati gue makin deg-degan waktu dia berhenti ngomong dan tampangnya yang gak enak banget buat dilihat.
“Aku harap kamu gak marah. Mungkin lebih baik kita sahabatan aja ya….” lanjutnya.

DEG!!!! GILAAA!!!!!!
Gue langsung lemes, syok, bingung, marah, kecewa, sedih, BT, pokoknya campur aduk deh. Sekarang gini deh, andaikan loe baru jadian ama seorang cowok yang loe sayang terus tiba-tiba tanpa ada masalah apapun diantara kalian cowok loe bilang kalau dia minta kalian sahabatan aja, gimana perasaan loe? Sakit gak? (kalo yang ini baru deh kejatuhan durian runtuh…..)
Tiba-tiba aja Rei bilang kalau dia pengen gue ama dia tuh cuma sahabatan aja. Gue gak terima dong. Seolah-olah dia tuh mainin perasaan gue. Jelas aja di situ gue langsung nangis di depan dia. Dia bilang dia gak bisa ngelanjutin hubungan kita. Di situ gue gak bisa berbuat apa-apa lagi dan ok kita bubar. Kita pulang sendiri-sendiri. Tapi dari situ gue gak langsung pulang. Gue pergi ke tempat dimana biasanya gue luapin semua perasaan gue kalau gue lagi sedih. Di situ gue nangis sejadi-jadinya. Gue maki-maki Rei, gue buang semua foto Rei yang gue punya pokoknya gue pengen lupain dia. Gue di situ lama banget ampe om gue ama temen-temennya nyusul gue ke tempat itu. Gue ceritain semua dan semua yang ada di situ tuh emosi. Seharian itu gue bener-bener depresi, frustasi, pokoknya gue maleslah buat ngapa-ngapain.

Beberapa bulan kemudian kita semua berangkat ke Bali. Selama beberapa bulan itu gue berusaha buat ngelupain rasa cinta gue ke Rei. Tiap ketemu dia gue selalu cuek dan memalingkan muka gue. Dia ngajak ngobrol gue aja gak gue gubris sama sekali. Sakit hati banget “boookk” gue. Ya walaupun masih ada sih rasa sayang ke dia tapi gue berusaha ngelupain dia. Beberapa temen gue yang tau masalah gue juga berusaha bantu gue buat bisa ngelupain masalah gue biar gue bisa seneng-seneng di Bali tanpa mikirin masalah apapun. Selama di Bali gue bisa ngelupain masalah-masalah gue. Entah kenapa ya selama di Bali tuh hubungan gue ama Rei malah membaik. Kita foto-foto bareng, makan bareng, kita juga sering banget bercanda berdua. Entah kenapa di situ tuh perasaan kita kayak balik lagi seperti dulu. Kita sama-sama enjoy banget. Kayak gak ada beban sama sekali. Apalagi dengan sikap dia ke gue kadang dia memperlakukan gue seolah-olah gue ceweknya gitu. Mungkin ada yang mengira kita jadian lagi. Ya harapanku sih bisa balikan lagi sama dia entah kapan waktunya gue gak pernah tau (harapan yang gak pasti banget… L)