Karakteristik molekul dari Vibrio spp yang menyebabkan penyakit pada Udang Black Tiger (Penaeus monodon) di tambak udang Sumatera dan Jawa dengan sekuensing 16S rDNA

Bioinformatika adalah bidang yang relatif baru, sehingga masih banyak kesalahpahaman mengenai definisinya. Bioinformatika muncul atas desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisa data-data biologis dari database DNA, RNA maupun protein. Studi bioinformatika merupakan studi aplikasi dari bidang biologi, kimia organik, statistic dan bidang statistic informatika.

           Tambak udang memberikan kontribusi signifikan terhadap produksi Indonesia dalam sektor perikanan. Ekspor Indonesia sekali produksi udang mencapai 50% dari semua ekspor perikanan pada tahun 2002 dan peringkat ke-lima di non-minyak komoditas ekspor. Berbagai kegagalan yang terjadi pada pertanian udang di Indonesia telah menjadi fenomena yang sangat merugikan. Kegagalan tersebut biasanya disebabkan oleh serangan vibrio sp yang mengakibatkan kematian cepat pada udang dengan angka yang besar. Udang terinfeksi Vibrio sp umumnya ditandai dengan gejala klinis, dimana udang terlihat lemah, merah gelap atau pucat, antena dan kaki renang berwarna merah. Ini adalah jenis bakteri patogen yang menginfeksi dan menyebabkan penyakit ketika kondisi udang lemah dan lingkungan yang ekstrim.

            Ada jenis Vibrio sp yang berasal dari Indonesia yang mungkin tidak ada di negara lain, karena keanekaragaman spesies Vibrio di perairan Indonesia masih sangat sedikit dipelajari dan dianalisis. Terjadinya kematian udang karena serangan Vibrio sp membuat petani udang menderita kerugian besar. Salah satu teknologi terbaik yang dapat mengidentifikasi spesies Vibrio adalah menganalisis 16S rDNA urutan strain terisolasi. Teknik ini merupakan teknik baru yang sering diterapkan karena dapat dibandingkan dengan data base GenBank untuk menentukan kesamaan DNA homologi dengan bakteri serupa. Identifikasi menggunakan teknik 16S rDNA untuk mendapatkan bakteri pada udang windu, yang didominasi oleh genus Vibrio. Hasil BLAST (Basic Local Search Alat Alignment) menunjukkan bahwa lima strain alginolyticus Vibrio, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio harveyi, Vibrio shilonii, dan Vibrio vulnificus diyakini memiliki kesamaan urutan melebihi 97% dari GenBank.

SUMBER

http://ijat-aatsea.com/pdf/May_v7_n3_11/13%20IJAT2011-02%20FJR.pdf